Sekcia zabezpečuje prípravu, revíziu a realizáciu Partnerskej dohody SR na roky
2014 – 2020, ako hlavného strategického dokumentu SR pre implementáciu Európskych štrukturálnych a investičných fondov (EŠIF) v podmienkach SR na programové obdobie 2014 – 2020, a Partnerskej dohody SR na roky 2021 – 2027 na programové obdobie 2021 – 2027. Má za cieľ zabezpečiť koordináciu programovania, implementácie, monitorovania a hodnotenia EŠIF v rámci cieľa Investovanie do rastu a zamestnanosti a cieľa Európska územná spolupráca.
V súvislosti s implementáciou Partnerskej dohody SR a programov SR pre EŠIF sekcia koordinuje a usmerňuje subjekty v oblasti Systému riadenia EŠIF, zabezpečuje tvorbu ITMS2014+, vrátane plnenia úloh súvisiacich s jeho prevádzkou a monitoruje a hodnotí výsledky implementácie EŠIF v SR.
Sekcia tiež zabezpečuje koordináciu prípravy hlavných legislatívnych, strategických a koncepčných dokumentov pre politiku súdržnosti, ako aj prípravu stanovísk a pozícií k týmto dokumentom na úrovni SR. Zároveň je príslušným orgánom podľa osobitného predpisu v oblasti Európskeho zoskupenia územnej spolupráce (EZÚS).
