Vláda SR na základe svojich uznesení od roku 1999 podporuje inštitucionalizovanie euroregionálnych aktivít a finančne podporuje aktivity euroregionálnych združení.
Spolupráca Ministerstva výstavby a regionálneho rozvoja Slovenskej republiky (MVRR SR) a euroregionálnych združení v Slovenskej republike sa uskutočnila v roku 2005 na základe systému podpory euroregionálnych aktivít na roky 2005 a 2006 (SPERA) schváleného uznesením vlády Slovenskej republiky č. 246/2005 zo 6. apríla 2005. Minister výstavby a regionálneho rozvoja SR v zmysle tohto uznesenia zriadil odbornú hodnotiacu komisiu systému podpory euroregionálnych aktivít, ktorá pozostávala zo zástupcov relevantných rezortov (ÚV SR, MF SR, MH SR, MŽP SR, MDPT SR, MV SR, MZV SR, MP SR, MK SR, MPSVR SR, MZ SR a MVRR SR). Na základe odporúčaní tejto komisie rozhodol minister výstavby a regionálneho rozvoja Slovenskej republiky o pridelení účelovej dotácie na projekty a podpory na činnosť regionálneho združenia zaregistrovaného na území Slovenskej republiky.